Затова НАТО предприе бойното си кръщение именно на Балканите. За някои това беше нужното оправдание за съществуването на пакта, за други - историческа необходимост.
Още през 1992-ра, когато беше приключила първата фаза от войната в Хърватия, а Босна тепърва предстоеше да експлоадира, Алиансът изрази своята готовност да подкрепи мироопазващите мисии в бивша Югославия.
Три години по-късно босненската драма вече беше взела живота на близо 200 000 души, а над милион босненци бяха изгубили домовете си във взаимното етническо прочистване. Невъзможността воюващите страни да бъдат накарани да седнат на масата за преговори, постави на дневен ред необходимостта от външна силова намеса. В този момент босненските сърби имаха съществено военно надмощие над мюсюлманските сили, а столицата Сараево агонизираше в обсада. При тези обстоятелства през 1995-та НАТО предприе първата в историята си военна операция. Поводът за намесата стана кървавият артилерийски обстрел на сараевския пазар Маркале. Години по-късно беше признато с половин уста, че снарядите може би не са дошли от сръбските позиции, но историята вече беше факт. Съюзническите сили предприеха въздушни удари срещу позициите на босненските сърби, за да ги принудят да седнат на масата за преговори.
След постигането на Дейтънското примирие, НАТО създаде силите АйФОР, които трябваше да съблюдават прилагането на мирното споразумение в Босна. След две години АйФОР бяха заменени от по-малък контингент наречен Стабилизиращи сили - ЕсФОР. В ЕсФОР се включиха и страни извън НАТО като Русия, Украйна и държави от програмата "Партньорство за мир". Макар и тенденцията за намаляване на числеността им да продължава, ЕсФОР все още са единственият истински гарант за мира в Босна.
Поредният епизод от гибелта на Югославия постави НАТО пред необходимостта от истинска военна интервенция. Събитията в Косово до ден днешен нямат единна безспорна оценка. Фактите гласят следното - на 26-ти март 1999-та НАТО започна 11-седмична кампания на въздушни удари срещу Югославия без одобрението на ООН. Проведени бяха над 10 000 бойни полета, по официални данни свален беше само един единствен съюзнически самолет.
След края на войната, НАТО създаде КейФОР - мироопазващите сили за Косово. По босненския модел от самото начало в тях се включиха и руски части, а по-късно и поделения от страните - партньори на НАТО.
През 2001-ва година пактът се намеси в още един размирен край на Балканите. НАТО участва активно в умиротворяването на Македония. През септември силите на пакта, съставени от 3300 войници проведоха операция "Необходима жътва" и в продължение на месец събираха и унищожаваха предаденото от албанските бунтовници оръжие. Около 400 натовски войници все още патрулират в кризисните райони на Македония в рамките на операция "Кехлибарена лисица".
След терористичните удари от 11 септември миналата година Генералният секретар на НАТО Джордж Робъртсън за пръв път в историята на пакта задейства член 5 от Североатлантическия договор, в който нападението срещу една от страните - членки се приема за атака срещу всички държави от Алианса. В крайна сметка САЩ предпочитат да не намесват НАТО във водената от тях война срещу тероризма.
