Програмата е в центъра на огромен скандал за корупция и обект на много разследвания, включително и на независима комисия, назначена от Кофи Анан и ръководена от Пол Волкър, бивш ръководител на американския Федерален резерв. Говорителят на ООН Фред Екхард каза, че Коджо Анан до февруари 2004 г. е получавал заплата от швейцарската фирма "Котекна", въпреки че я е напуснал през 1999 г. В периода 1999-2003 година "Котекна" е имала договор с ООН в съответствие с който е инспектирала стоките, които са влизали в Ирак, в съответствие с програмата "Петрол срещу храни".
Кофи Анан заяви, че разбира проблема, който това твърдение създава за ООН, но подчерта, че синът му работи в област, различна от неговата. Анан изтъкна, че той лично не е участвал в разпределянето на договорите в рамките на програмата "Петрол срещу храни" и призова всички да проявят търпение, докато независимата комисия завърши работата си. Очаква се това да стане до лятото на 2005 година.
