През 1999-а година Милутинович беше обвинен заедно със Слободан Милошевич и още трима бивши високопоставени политици в извършването на военни престъпления срещу етническите албанци в Косово. Мандатът на Милутинович изтече в края на миналата година, след което сръбските власти го убедиха да се предаде доброволно на международния съд.