Четвърта оставка заради "Апартамент гейт" - Цветан Цветанов напуска Народното събрание. Той обаче запазва поста заместник-председател на ГЕРБ.
Цветан Цветанов се среща с Бойко Боирсов през 2001 година. Когато става негов оперативен помощник като главен секретар на МВР. През 2005, когато Борисов е избран за кмет на София, Цветанов става зам.-кмет на столицата.
На следващата година е основана партия ГЕРБ, Цветанов става председател, защото кметът няма право на партийни постове.
За първи път името на Цветанов е забъркано в обществен скандал и данъчна проверка през 2010 година. Причината - Цветанов и семейството му са се сдобили с 6 апартамента в София от 2004 до 2009 година. Освен това и с два гаража в София, една къща с двор в провинцията, 9 дка гори и влогове за над 100 000 лева. НАП, ръководена тогава от Красимир Стефанов, установява, че е изряден.
В този период Цветанов вече е вицепремиер и министър на вътрешните работи. През следващите години е отличен за работата и заслугите си от Европол, Съединените щати, Испания, Италия.
От създаването на ГЕРБ досега неизменно ръководи националния предизборен щаб на партията.
Както и скандалът за незаконни частни подслушвания на бизнесмени, политици, магистрати. Прокуратурата му повдига три обвинения. По всички е оправдан.
През 2010 акции с гръмки имена като "Килърите", "Октопод", "Наглите", "Захарно петле", "Медузите" са гордостта на МВР. Години по-късно обаче по част от тях България е осъдена в Европейския съд по правата на човека в Страсбург и дължи обезщетения.