Агенцията по вписванията не защитава добре личните данни. Това е един от направените изводи от страна на Сметната палата след извършен одит на нейната дейност за периода от 1 януари 2017 г. до 31 декември 2019 г.
Според одита на Сметната палата, въпреки че Агенцията е администратор на лични данни, тя не гарантира спазването на принципите и изискванията на Общия регламент за защита на данните. Освен това тя предоставя незаверени преписи на актове на всяко лице, което ги поиска, без заличаване на личните данни, съдържащи се в тях. Така информация за имотно състояние, ЕГН, съпружески и родствени взаимоотношения може да стане обект на злоупотреба.
Освен това въпреки че до края на 2020 г. над 96 на сто от територията на стрната вече има одобрени кадастрални карти и регистри, все още не е създаден имотен регистър. През август 2020 г. министърът на правосъдието е издал заповеди за откриване на производство по създаване на имотен регистър само за 5 от всичките 113 съдебни района.
Освен това според Сметната палата същественият проблем идва от това, че службите по вписванията са част от структурата на Агенцията, а съдиите по вписванията са на подчинение на председателя на съответния районен съд. Това ограничава възможността ефективно да се организира и контролира работата по създаването, воденето и архивирането на имотния регистър.
Одитът е установил още и че не е осигурена връзка на Търговския регистър и регистъра на юридическите лица с нестопанска цел със системата BRIS, която осъществява свързване на търговските регистри на страните-членки на ЕС и им позволява да обменят информация. Към 30 ноември 2020 г. България все още не е присъединена към платформата и съществува риск ЕК да отнесе въпроса към Съда на ЕС.
Отбелязано е и значително забавяне на процеса по обявяване на годишните финансови отчети в периода 2017 - май 2020 г. Бави се и създаването на публичен регистър на особените залози и прехвърлянето на дейността от Министерството на правосъдието в Агенцията по вписванията, заради все още неиздаден подзаконен акт, предвиден в Закона за особените залози.
Сред другите нередности, отбелязани от Сметната палата след извършения одит, са недостатъчният сграден фонд, който да отговаря на изискванията за изпълнение на дейността и за стратегически обект от значение за националната сигурност, както и редица проблеми, свързани с човешките ресурси - за периода 2017 - 2019 г. ръководството на дирекцията е сменяно 7 пъти, а директорът на най-голямата регионална дирекция - тази в София, 5 пъти. Анализът на извършените промени в числеността на персонала пък показва, че те не са обвързани с добавянето на нови отговорности и задължения.
Сметната палата е дала 10 препоръки на министъра на правосъдието и 6 на изпълнителния директор на Агенцията по вписванията, които трябва да бъдат изпълнени до една година.
