Гигинският манастир е разположен в подножието на вр. Китка (1118 м н.в.), в планина Черна гора и заради това е познат и като Черногорски. Манастирът се намира на около 4 км от с. Гигинци, на 16 км югозападно от гр. Брезник и на 52 км източно от София.