Футболен клуб Баку е основан през 1997 година в столицата на Азербайжджан Баку след обединението на два клуба: “Чинар Полис Академиаси” и “Гартал-95”. Отборът играе мачовете си на стадион “Тофик Бакхрамов” с капацитет от 37010 зрители, който е построен през 1952 година и носи името на местен футболен съдя. От 1997 година насам името на тима е променяно няколко пъти и едва през 2004 година отбора е преименуван на ФК Баку. Преди това в различни периоди отборът се е наричал “Полис Академиаси”, “Динамо” и “Динамо-Бакили”. През сезон 1997-1998 година тимът завършва на второ място в първенството на Азербейджан. През сезон 2004-2005 година отборът спечели Купата на Азербайджан.

""Година по-късно тимът за първи път играе в турнира за Купата на УЕФА, но е елиминиран още в първия кръг. Същия този сезон отборът става и за първи път шампион на страната си и получи право да играе в квалификациите за Шампионската лига. В момента отборът заема първо място във временното класиране в шампионата на Азербейджан с 58 точки и има изиграни 26 мача. Тимът е постигнал 18 победи 4 равни и 4 загуби. Спонсор на отбора е петролната компания "Баглан" с президент Хафиз Мажид Мамадов. Старши-треньор на тима е Хаджиев Талат.