Църквата е посветена на Св. Климент Охридски, чиято инициатива е бил построеният през 893 г. на това място православен храм, върху останките на голяма петкорабна раннохристиянска базилика, и на Св. Пантелеймон, на когото е бил посветен първоначално този х