Милошевич е обвинен за престъпления срещу човечеството, за геноцид и за военнопрестъпления.
Бившият югославски президент Зоран Лилич смята, че Милошевич не е могъл да издаде такава заповед. През юли 1995 година сръбски части и паравоенни формирования под командването на генерал Ратко Младич избиха между 7 хиляди и 7500 мюсюлмани в град Сребреница. Това е най-тежкото престъпление в Европа след Втората световна война. Според Лилич тогавашният сръбски президент не е имал влияние да заповяда избиването на толкова много хора. Той дори бил силно разгневен, тъй като престъплението в мюсюлманския анклав е подкопало усилията му да се представи за миротворец на преговорите с Франьо Туджман и Алия Изетбегович в Дейтън. Лилич обаче заяви, че по време на войните в бивша Югославия югоармията е обучавала доброволци. Бившият югославски президент смята, че с усилията си да обедини всички сърби в една държава Слободан Милошевич е предизвикал войните с Хърватия и в Босна.
