За градините, в които има и защитени видове Варненската митрополия получава земеделски парцели, 250 хиляди лева, лек автомобил и микробус. Ботаническата градина на Варна е единственото незастроено място, близо до морето.Преди 6 години поземлената комисия връща земята на църквата, а няколко месеца по-късно тя я заменя. В протокол на Епархийския съвет е записано, че Варненската митрополия няма стабилни доказателства за собствеността и затова е по-добре да я замени, а делата да води новия собственик.
В същото време от Софийския университет също показват акт за собственост на ботаническата градина.
По времето, когато поземлената комисия връща земите на църквата, нейният председател Петър Бегажев е в обща фондация с архимандрид Серафим - човекът на чието име в последствие са издадени и нотариалните актове за собственост. По думите на Бегажев идеята на фондацията е била да се построи храм Света Троица върху църковна земя.
Междувременно фирмата “Сийланд пропъртис”, която е получила земята от църквата, вече сключва сделки с нея, макар и парцелите да са спорни.
През 2004-та ботаническата градина е обявена за защитена територия, но съдът отменя решението.
На друго мнение, обаче са биолозите, които показват ценни растения. Направените разкопки в ботаническата градина показват, че под нея е имало и римско селище. В момента в спор за собствеността на ценния парцел са Софийския университет и фирмата “Сийланд пропъртис”. От община Варна пък зависи дали ще позволи унищожаването на парка.
