Проучената част от светилището се състои се от централна част и два кръга от по-малки структури около нея с обща площ около 6 дка. Големите скални валуни са частично обработени от човешка ръка и подредени в уникални конфигурации. В плоските скали са изсечени каменни кръгове, ямки, вани и стъпки. Жилищната сграда и култовите огнища допълват доказателствата за човешка дейност на мястото. Учените са установили, че Бегликташ е изграден от тракийското племе на скримианите, които населяват този регион от Странджа в древността и имат славата на едни от най-добрите металурзи в пределите на Древна Тракия.Според откритите досега археологически находки се счита, че светилището е съградено през 14 век пр.Хр., като функционира до 5 в.сл.Хр. По своята същност мястото е изпълнявало подобни функции, каквито изпълняват манастирите в наши дни.