Аладжа манастир е създаден ок. 12-13 век, но е изоставен в началото на 18 век.Първите системни проучвания са проведени в края на 19 век от братя Херминегилд и Карел Шкорпил. През 1912 г. е обявен за народна старина, а през 1957 — за паметник на културата
