Стоян Стоянов е назначен за заместник областен управител на област Стара Загора със заповед на премиера Стефан Янев.
В периода август 1989 г.-април 2008 г. Стоянов е работил в Министерството на отбраната, а от април 2008 г. до декември 2011 г. в ДАНС, където е заемал позиции на изпълнителско и средно управленско ниво. Притежава образователно-квалификационна степен „магистър“ по специалностите строително инженерство и по национална сигурност и отбрана. Стоянов е участвал също в мироопазваща мисия в Босна и Херцеговина през 2007 г. като част от ръководството на българския контингент.