
В Натура 2000 се включват два типа територии - за птиците и за местообитанията. В момента съществуват три алтернативи за първият тип защитени територии - 114 зони, покриващи около 24 на сто от територията на страната; 112 зони, покриващи около 20 на сто от територията и 109 зони, покриващи около 16 на сто от територията.
За защитените територии на местообитанията положението е сходно, но там възможностите са две - или да бъдат одобрени 225 зони, или техният брой да спадне до 196. Част от териториите се припокриват. Селищата и промишлените територии, може да бъдат извадени от програмата.
Включването на съответни територии в НАТУРА 2000 не променя собствеността върху земи, гори и водни площи. Собствениците на земеделски земи ще получават компенсации между 50 и 600 евро.