Думите му предизвикаха критики, че прави връзка между вярата и насилието. Папата не е имал намерение да обижда мюсюлманите, уточни Ватикана.Наложи се говорителят на Ватикана да направи уточняващо изявление, в което посочи, че Бенедикт 16-ти иска да създаде нагласа към уважение и диалог между религиите и културите. В лекцията си папата цитира византийския император от 14-ти век Мануил Втори Палеолог в разговор с ислямски учен.
Изявлението на Ватикана не помогна за уталожване на гнева сред мюсюлманските лидери.
В специална резолюция парламентът в Пакистан критикува главата на римокатолическата църква и настоява той да се отрече от "обидното" изказване. В резолюцията се казва, че пренебрежителните коментари за философията на джихада и пророка Мохамед са накърнили чувствата в мюсюлманския свят и представляват опасност от разпространение на язвително отношение между религиите. Ръководителят на турската дирекция по вероизповеданията поиска извинение за враждебните думи и припомни престъпленията, извършени от католиците по време на кръстоносните походи. В Кувейт ислямиската партия Умма /Ислямска нация/ призова всички мюсюлмански страни да отзоват посланиците си от Ватикана "докато папата не поднесе извинения".
Ситуацията в региона и в света не може да понесе сблъсък на цивилизациите и война между християните и мюсюлманите. Чувствата на мюсюлманите не трябва да бъдат наранявани от никого.
Ислямски теолози посочиха, че мюсюлманския свят е в дълбока криза и всяка атака от страна на Запада ще я задълбочи. Те припомниха окупациите на Ирак, Ливан и Палестина.
