Това стана след като съдът отхвърли жалбата му и молбата му да оттегли признанието си, че е виновен.
Французинът от марокански произход обжалва присъдата и наскоро отново започна да твърди, че е излъгал, когато е давал показания на процеса.
Мусауи се върна към първоначалното си твърдение отпреди четири години, че няма нищо общо с атентатите. През април 2004 г. той се признава за виновен по шест обвинения в конспирация с Ал Каида с цел атентати срещу правителствени сгради с отвлечени самолети.
Според предварителните планове той е трябвало да отвлече самолет и да го блъсне в Белия дом. На самия 11 септември 2001 година Мусауи е бил в затвора по обвинения за имиграционни нарушения, но признава, че е тренирал да отвлече Боинг 747 и да го блъсне в Белия дом. На 4 май съдът му даде доживотна присъда.
