В интервю за списанието "Тайм" той заявява, че около 35 от най-изявените терористи от Ал Каида са държани в тайни затвори и вероятно ще останат там до края на войната срещу тероризма. От изданието изтъкват, че думите на Негропонте са първото официално признание, че САЩ поддържат система от тайни центрове за задържане.
