По време на косовската криза през 1998 -1999 година линията Прищина-Скопие доби популярност като "влакът-бежанец". Много от хората, които работеха за възстановяване на релсовия път, са били част от "влака-бежанец". По неофициални данни по време на конфликта в Косово загиват 10 хиляди цивилни косовски албанци. Близо един милион стават бежанци в съседните Македония и Албания.
Едно от обвиненията за военни престъпления и престъпления срещу човечеството срещу покойния Слободан Милошевич бе именно заради действията му в Косово и репресиите срещу албанците там.
