През 2001 година трибуналът в Хага обвини Готовина във военни престъпления и престъпления срещу човечеството, заради това, че е командвал отряди, извършвали гонения, убийства, грабежи, унищожаване на цели градове. Той е смятан за отговорен за убийството на над 150 сърби по време на сръбско-хърватската война през 90-те години на миналия век. През 1995 г. Хърватия предприе военна офанзива, известна като операция "Буря" за възвръщане на окупираните през 1991 година хърватски територии. По това време Готовина контролираше всички хърватски сили. В резултат на офанзивата бяха прогонени над 150 000 сърби.
Ако бъде признат за виновен, Готовина може да получи доживотна присъда. Генералът беше арестуван миналата сряда в ресторант на Канарските острови. В събота той беше прехвърлен в затвора на Хагския трибунал.
