Самият Шешел също е подсъдим от трибунала за военните престъпления в бивша Югославия. Съдът обвинява лидера на сръбските радикали в престъпления срещу човечеството и военни престъпления, извършени в Босна, Хърватия и Войводина през 1991-1993 г. Шешел трябва да отговаря за убийства, изтезания и изселвания, извършени от доброволци, събрани от него. Неговото име не се свързва пряко с конкретно престъпление, но се твърди, че доброволците му са извършили жестоко изтребление и прогонване на несръбско население в името на Велика Сърбия. По времето на Милошевич Шешел беше вицепремиер на Сърбия.
Лидерът на сръбските радикали се предаде доброволно на Хагския трибунал преди две години. Очаква се той да се изкаже в защита на действията на Милошевич, който е обвинен във военни престъпления и геноцид за войните в Босна, Хърватия и Косово.
