Съюзническите сили предприеха въздушни удари срещу позициите на босненските сърби, за да ги принудят да седнат на масата за преговори.
След постигането на Дейтънското примирие, НАТО създаде силите АйФОР, които трябваше да съблюдават прилагането на мирното споразумение в Босна. След две години АйФОР бяха заменени от по-малък контингент, наречен Стабилизиращи сили - ЕСФОР. В ЕСФОР се включиха и страни извън НАТО като Русия, Украйна и държави от програмата "Партньорство за мир". Макар и тенденцията за намаляване на числеността им да продължава, ЕСФОР все още са единственият истински гарант за мира в Босна.
След края на войната НАТО създаде КЕЙФОР - мироопазващите сили за Косово. По босненския модел, от самото начало в тях се включиха и руски части, а по-късно и поделения от страните-партньори на НАТО.
През 2001 година Пактът се намеси в още един размирен край на Балканите. НАТО участва активно в умиротворяването на Македония. През септември силите на Пакта, съставени от 3 300 войници, проведоха операция "Необходима жътва" и в продължение на месец събираха и унищожаваха предаденото от албанските бунтовници оръжие.
Поддържането на мисиите в Югоизточна Европа беше един от проритетите на НАТО, потвърден на срещата на върха в Прага, на която страната ни беше поканена за член на Пакта. Там съюзниците заявиха готовността си да продължат мисиите си по поддържане на мира в Босна и Херцеговина и Косово, докато там бъде наложен мир, основан на стабилни демократични институции и на защита на човешките права. Поканата за членство към България, Румъния и Словения пък се свърза с желанието на Алианса да установи траен мир и стабилност в региона.
