Болтън беше и помощник-държавен секретар по времето на Джордж Буш, съветва Израел да разруши атомната централа в Бушер, преди да бъде пусната в действие на 21 август. Ако израелската армия я бомбардира след това, ще има много поражения сред цивилното население.
Централата е построена с руска помощ, но има съмнения, че тя е част от програмата за създаване на атомна бомба. През 1981 година Израел спря ядрените планове на Саддам Хюсийн, като изненадващо бомбардира и разруши ядрен център край Багдад.
