По думите на владиката с проверките се цели "нов тотален контрол над Българската православна църква, по-лош и по-коварен от комунистическия".
Според дядо Натанаил намесата във вътрешноорганизационния църковен живот от страна, на когото и да било, е грубо нарушаване на отделеността на Църквата от държавата.
След като станаха известни имената на 11-те висши духовници сътрудници на Държавна сигурност, свещеници от Неврокопската епархия поискаха митрополит Натанаил и останалите владици с досиета да се оттеглят.
